這是一個沒有神的時代，我們不需要神，因為我們就是神(s)。
不否認地說，普羅米修斯包含的元素實在太多，片中的影射、象徵、暗喻的包羅萬象，不管是從神話、宗教、科技，甚至是經典電影阿拉伯的勞倫斯都被提到和多次引用該片的經典對話。以至於對本片真正的目的如同墜入五里霧中，即便再度重看異形和勞倫斯都不能解開本片那懸而不解的疑惑。
不過，到頭來還是應該要相信直覺才是，要相信序幕之中必定有關鍵的提示，不要被之後劇情中不斷拋出的問題給迷惑了，因為所有的答案都在電影的序幕裡。
從序幕的曙光開始，呈現的是一個創世紀的故事，在一片荒蕪之中，由不知名的外星人飲下黑水將自身摧毀化為無數個細小、原始的生命之源－DNA。這一幕是一種科學上的假設，假設行星上的物種是由更高階的外來物種所灑下的，是他們創造了行星上的豐富生態，甚至是智慧文明。不過，電影沒有明確指出這個行星就是地球，可以說在暗示他們可能不只在一個行星上這麼作。
首先要來看的就是行星上的曙光和一片荒蕪，這樣的景像在另一部電影也有出現過。當初看到這一幕時確實曾有懷疑過，懷疑以雷利史考特的能力應該不會去作這類的模仿，因此一直把這樣的感覺當作錯認而忽略它。直到終於忍不住，再次把該片拿出來確認後，終於明確地將這兩部電影連結起來，確信在普羅米修斯之中確實有著諸多該片的元素。這部電影就是2001太空漫遊。
首先是確認兩者之間的相同之處。第一、兩者都是所謂的外星人創世，世界不是如宗教神話所述，由至高無上的神開天闢地而生，而是由比人類更高等的物種創造出來的，只是2001太空漫遊從未具體呈現過該物種的面貌，一直都是由一塊黑色石碑來代替。
第二、進化的源頭。2001太空漫遊以黑色石板代表進化的力量，凡是觸及到黑色石碑的生物都能獲得進化的力量，在2001太空漫遊中，黑色石碑共出現過五次（開天闢地之前、四百萬年前、月球上、木星軌道上、房間裡）。而在普羅米修斯出現的進化象徵物則是黑水，飲下黑水的外星人創造了一整個行星的進化，觸碰到黑水的人類則進化成各種危險的怪物，甚至出現了巨大白烏賊，以及最後的小異形。也就是說碰觸到黑色石碑和黑水都是進化，但是兩者所造成的效果（或是說對人類而言的感覺）卻是完全不一樣。
第三、外星人的邀請函。在2001太空漫遊中，人類在月球上發現的黑色石碑將他們引向了木星，在木星上，人類得到了下一階段的進化。而在普羅米修斯中，人類在各地古文明的紀錄中（有不少發現也是紀錄在石板上）發現了相同的圖像道標，將他們引向了更遠的LV-223。普羅米修斯的人類原本也是在不同時期接受過外星人的指導，得到了不同程度的進化，直到2000年前終止。在2093年，人類搭乘普羅米修斯號前往LV-223，不只是要迎回普羅米修斯，更是為了得到完成人類進化所需的最終力量，就像2001太空漫遊那樣，成為星孩（The Star-Child）。
普羅米修斯在故事編排上確實和2001太空漫遊有著許多相似之處，只不過普羅米修斯不像2001太空漫遊這般美好，可迎來的是人類的終極進化－星孩，而是見到了透過黑水進化產生的危險與狂暴，和人類將面臨的致命災難。不過，普羅米修斯的旅途尚未完成，也許在外星人的來處還會有進一步的答案。
彼得威蘭雖然用了勞倫斯當例子，來表明那種前往荒漠之地創造奇蹟的力量和勇氣，但個人更相信彼得威蘭最愛的電影其實是2001太空漫遊。因為勞倫斯在沙漠裡一無所獲，而David Bowman博士（最終抵達木星的發現號乘員）卻完成了最終進化成為星孩。而將仿生人取名大衛（David）或許更多是因為David Bowman是第一個進化成星孩的人類，而不是為了向大衛連致敬。
彼得威蘭想要成為神的念頭已經在【Ted Conference, 2023】表達的很清楚，至於理由也很簡單，人類的科技到什麼時候可以被證明人類已經和神平起平坐？在希臘神話中，人類其實就是普羅米修斯創造的，普羅米修斯不只是教會人類各種知識和為人類盜取天火而已，最重要的是，普羅米修斯依神的樣貌，用黏土造出了人類和給予人類生命（雅典娜則給予了人類智慧）。也就是生命的創造才是真正能讓人類與神平起平坐的科技。而這也是為何序幕要在這開天闢地後的這一刻打出普羅米修斯之名，因為生命的創造才是彼得威蘭追求的終極力量。
Peter Weyland: [from TED Talks viral video]…we can create cybernetic individuals, who in just a few short years will be completely indistinguishable from us. Which leads to an obvious conclusion: WE are the gods now.
｢我們可以創造出人型機器人，再過幾年我們就會完全辨識不出他們。因而得出一個明顯的結論，現在我們就是神(s)。｣
以及…
｢怎麼會有一條法律說，如果我們用鐵絲和金屬造人，造一個人永遠不會老，永遠感覺不到星辰的熱或是月亮的冷，創造出這麼神奇的個體，怎麼會被認為是違反自然呢？｣
如果人類也能創造生命，那麼人類為何不創造出比普羅米修斯當初造的人更加厲害的生命，一個不怕熱、不怕冷、不會老、不會死的終極生命，不只是機器人而已，而是真正的生命創造。而這是普羅米修斯沒有給予人類的，而人類必須靠普羅米修為人類盜來天火來創造自己的力量，去向普羅米修斯索求眾神沒有給予人類的東西，去得到人類下一個階段進化的禮物－永恆的生命。
Peter Weyland: You convinced me that…if these things made us…then surely they could save us. Well, save me, anyway.
｢妳說服我說…如果他們是我們的造物主，那麼他們一定能解救我們。至少能救我。｣
Elizabeth Shaw: Save you from what?
｢救你免於什麼？｣
Peter Weyland: Death, of course.
｢當然是免於死亡。｣
現在的彼得威蘭就像是2001太空漫遊最後的老人（David Bowman博士），已經是躺在床上奄奄一息，只能靜候死亡的來臨。彼得威蘭要活下去的最後希望就是見到黑色石碑，得到外星人的力量，創造出新的生命，成為永恆的存在，才能擺脫死亡將臨的威脅。
而彼得威蘭很清楚要求得到永生需要付出的代價將會是非常地驚人，所以他用勞倫斯捻熄火柴當作例子，明白表現出創造永恆生命需要不怕付出任何的代價。而他對勞倫斯不畏艱難踏足沙漠的勇氣，則讓他打造了大衛系列的仿生人，特別是第八代的大衛，完全就是勞倫斯的翻板。
有趣的是，彼得威蘭打造的大衛本來的髮型就是跟勞倫斯一樣的右分，但是大衛後來卻自己改成了左分，不知是為了在鏡中能看到跟勞倫斯一樣的自己，還是為了把自己和勞倫斯區別出來，不想只是作為彼得威蘭的創造物而已？而且連大衛都喜歡阿拉伯的勞倫斯這部片，也不知是否是彼得威蘭刻意為之的，還是大衛真的是自己喜歡上的？況且大衛是否真的有的喜歡這種感覺也無從得知。
只是可以很確定的就是，彼得威蘭確實很喜歡阿拉伯的勞倫斯，他在最後說了…
Peter Weyland: There's nothing.
｢在這裡…什麼都得不到。｣
David: I know. Have a good journey, Mr. Weyland.
｢我知道。威蘭先生，祝你一路平安。｣
正好呼應了阿拉伯的勞倫斯的故事，勞倫斯踏足沙漠付出一切卻一無所獲。真正想要模仿勞倫斯的其實是彼得威蘭，他想像勞倫斯這般睥睨群雄、目空一切地征服荒野，成就偉大的事業。只不過彼得威蘭追求的不是阿拉伯人民的自由或是自身心靈的歸處，而是進化的力量、永恆的生命。但是，彼得威蘭得到的結果跟勞倫斯是一樣的，在荒野之中，人太過無力渺小，最終將失去一切，而這就是傲慢的代價。
Mortal, after all.
｢凡是肉身難逃一死。｣
在發現者號上，有一部超級電腦名叫HAL9000。在普羅米修斯號上，有一部人型機器人叫作大衛。大衛在很多方面都不像他的同伴：艾希。除了有著媲美勞倫斯般的俊美外表和溫順個性，在其他方面，大衛更像HAL9000那種講話的語調和精準無比的能力。他就像機械般的絕對完美，不管是獨自一人長時間管理長途航行的太空船，或是學習各種古代語言替未來的任務作準備，或是一邊騎單車一邊投籃，無一不是表現出如同HAL9000那無與倫比絕對正確的樣貌。
只不過，大衛有一個人型的外貌與孩童般的好奇，而這讓大衛跟2001太空漫遊中的人類一樣，遇見黑色石碑或是黑水時會好奇地想要接觸，想要知道這到底是什麼東西，黑水會不會像黑色石碑一樣，帶來進化的力量。可惜的是，大衛是機器，不然他應該會拿自己來試驗的，因為他才是最渴望得到進化的。
因此，大衛將黑水摻在酒中讓哈洛威喝下的行為就是在呼應2001太空漫遊的進化，人類必須接觸到黑色石碑才能得到進化的力量，在普羅米修斯中，黑水就是黑色石碑，而大衛想要知道人類能否像2001太空漫遊中那樣得到進化就必須去試驗，去親自接觸那未知的黑色物質，而不是去向外星人尋求救贖的力量。而且唯一知道黑水用途的也只有大衛一人，他也沒有透露給彼得威蘭，告訴彼得威蘭有進化物質的存在。
在普羅米修斯中，有一點跟2001太空漫遊不同的地方，這一點是為了替故事最終的悲劇留下一個出路。因為在2001太空漫遊中，大多數人類都被HAL9000殺死了，只有David Bowman博士活著到達木星，而David Bowman博士卻從黑色石碑得到了進化。但在普羅米修斯中，人類無法從黑水中得到進化，也無法從外星人那得到救贖，在LV-223等待人類的只有死亡。為了給予倖存者希望，宗教信仰成為了倖存者唯一能緊抓的光芒，而宗教信仰則是2001太空漫遊所沒有提及的。
哈洛威和蕭兩人都是外星創世論的信奉者，但是蕭稍稍有點不同，在大衛窺看的夢境中就把蕭內心深處對信仰的期盼表現出來了，這也是為什麼蕭從未把父親留給她的十字架給取下的原因。而哈洛威倒是一點也沒有這樣的念頭，不如說，整艘船上只有蕭還有微薄的信仰存在。因為在2023年，彼得威蘭的TED演說中，人類已經不再需要神、不再需要信仰，人類在彼得威蘭的帶領下，已經無所不能，在沒有拘束的科技發展下，Weyland Industries證明了我們就是神，至少就表面上看來彼得威蘭是對的。
然後，哈洛威和蕭帶著外星創世論的證據來尋求彼得威蘭的資助，他們堅信有一個更高等的文明創造了人類，而且留下了線索指引人類去尋找他們。彼得威蘭在等待了66年後，終於等到時機成熟了，他終於可以完成他的最終計畫－普羅米修斯。
在LV-223上，人類遇到的一切都跟想像中不同，想像中的是像2001太空漫遊那樣，得到黑色石碑的力量，讓人類邁向下一階段的進化，但是在LV-223上，黑水帶給人類的只有死亡和恐懼，這個地方不是黑色石碑賜與的樂園，而是黑水創造的地獄。這是一個沒有神的時代，人類捨棄了神，自命為神，要求永生，但卻來到了地獄看見了恐懼和死亡。此時，人類才察覺到自身的無力和渺小，在一切毀滅之後重新拾起了信仰。
彼得威蘭在2023年拋棄了神，伊利沙白蕭在2094年元旦拾回了信仰。普羅米修斯其實就是黑暗版的2001太空漫遊，人類跟著高等物種的線索來到了聖誕樹下準備拆禮物，卻發現那並不是聖誕禮物，人類沒有找到夢寐以求的黑色石碑，而是得到了充滿疾病、災禍、死亡和毀滅的潘朵拉之盒，而潘朵拉之盒正是宙斯為了報復普羅米修斯為人類盜取天火而設下的陷阱。
Sometimes to create, one must first destroy.
｢要創造就必須先毀滅。｣
但如果一切都毀滅了，那又有誰還活著可以創造？
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